Layanan sirkulasi meliputi kegiatan transaksi peminjaman, pengembalian, dan perpanjangan bahan pustaka oleh pemustaka yang sudah menjadi anggota perpustakaan. Layanan sirkulasi merupakan layanan peminjaman dan pengembalian bahan pustaka. Layanan sirkulasi di Perpustakaan STIKES Notokusumo menggunakan metode open access yaitu pemustaka dapat langsung mencari buku di rak, pencarian buku di rak dapat memanfaatkan katalog online yang dapat di akses pada laman http://lib.stikes-notokusumo.ac.id. Mahasiswa memiliki batasan peminjaman koleksi yaitu 3 eksemplar dengan judul yang berbeda dengan waktu peminjaman selama 7 hari dan dapat diperpanjang selama 7 hari. Dosen dan karyawan memiliki batasan peminjaman koleksi yaitu 6 eksemplar dengan masa peminjmaan 1 bulan dan dapat diperpanjang 1 kali masa peminjaman. Pemustaka yang tidak mengembalikan koleksi sesuai dengan waktu peminjaman akan dikenai denda sebesar Rp. 500,00 (lima ratus rupiah)/ hari/ eksemplar.
Proses peminjaman dan pengembalian dilakukan dengan menyerahkan KTM dan buku yang dipinjam kepada pustakawan kemudian pustakawan akan melakukan transaksi peminjaman atau pengembalian dengan men-scan KTM dan barcode buku. Perpanjangan koleksi perpustakaan dapat dilakukan pemustaka datang langsung ke perpustakaan atau mengirim pesan perpanjangan peminjaman koleksi perpustakaan melalui WhatsApp Perpustakaan STIKES Notokusumo Yogyakarta.
