Perpustakaan STIKES Notokusumo merupakan pengembangan lebih lanjut dari Perpustakaan AKPER Notokusumo. Perpustakaan AKPER Notokusumo berdiri pada tanggal 3 Februari 1990 di Kampus AKPER Notokusumo Jl. Masjid PA No.5 Pakualaman Yogyakarta. Hal ini sejalan dengan berdirinya AKPER Notokusumo Yogyakarta. Namun sebenarnya persiapan infrastruktur, sarana dan prasarana berdirinya perpustakaan sudah dilakukan sejak awal tahun 1989. Pada waktu itu proses persiapan dan segala perencanaannya dipercayakan kepada seorang pustakawan fungsional dari Perpustakaan Fakultas Fisipol UGM yaitu Bpk. Wiyono DA. Beliau diserahi tugas untuk merencanakan segala kebutuhan yang diperlukan untuk terwujudnya Perpustakaan AKPER Notokusumo. Kebutuhan-kebutuhan mendasar tersebut meliputi: sarana dan prasarana, persiapan ruangan, mebeler perpustakaan, koleksi bahan pustaka, sistem pengolahan, sistem pelayanan, peraturan perpustakaan, personel petugas, dsb.
Pada perkembangan selanjutnya beliau dipercaya menjadi Konsultan dan Penanggungjawab Perpustakaan AKPER Notokusumo mulai tahun pertama (1990/1991) dan tahun-tahun selanjutnya. Dengan masa persiapan yang cukup panjang akhirnya Perpustakaan AKPER Notokusumo mulai dibuka pada tanggal 2 April 1991 untuk melayani segenap sivitas akademika, dan menunjang proses belajar mengajar, demi mengemban Tri Dharma Perguruan Tinggi. Sejak saat itu Perpustakaan AKPER Notokusumo terus berbenah, melakukan peningkatan dan pengembangan baik dari sisi sarana-prasarana, koleksi maupun SDM-nya mengikuti dinamika perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta tuntutan kebutuhan penggunanya demi tercapainya visi dan misi lembaga induknya.
Pada tanggal 16 Februari 2016 Perpustakaan AKPER Notokusumo pindah ke Kampus II yang beralamat di Jalan Bener No.26 Tegalrejo, Yogyakarta. Hal ini dilakukan karena perkuliahan kegiatan akademik AKPER Notokusumo sudah pindah terlebih dahulu di Kampus II. Perkembangan selanjutnya terjadi saat perubahan bentuk institusi dari akademi menjadi sekolah tinggi yaitu dari Akademi Keperawatan Notokusumo menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Notokusumo Yogyakarta pada tanggal 20 Agustus 2019 sesuai SK dari DIKTI No: 739/KPT/I/2019, maka dengan demikian nama perpustakaan juga berubah menjadi Perpustakaan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Notokusumo Yogyakarta.